Ознакомился с FAQом и, если честно, не понял что там можно сделать не так :)
Стёр исходные данные и залил свои.
Тем не менее, автоматически почему-то настройки джойстиков и клавиатуры не подхватились. Такое ощущение, что игра обращается к другому каталогу. Как я понял, HID устройства может не совпадать и это тоже может быть причиной.
Однако, через загрузку профиля в настройках получилось подкинуть старые настройки.