SATA это то как ХДД подключается. Эволюция от простого ATA. К разбитию на отделы это никакого отношения не имеет. ;)
К теме: У меня стоят две Мatrox (по 200гб каждая, SATA) и одна Samsung (160гб, АТА) все разделены на несколько отделов (12 в сумме), один отдел только для системы. Никакой разницы не чуствую, кроме лучшего порядка. Да если новый Виндоус install захочется, не приходится остальные даты (игры) стирать.